《九州海上牧云记》结局是牧云笙跟着龙先生去流浪，要去找世界上最美的地方，种满曼陀罗华，等着盼兮重生化为肉身;而硕风和叶依然没有成为铁沁;穆如寒江拒绝了苏语凝，跟着穆如一家流放去殇州，发誓要带领穆如回到中州。

紫炎出卖了自己的一切获得永生，她自此成为了那个人的奴仆。哈斯聪解开秘密画出了传国玉玺下落的地图，帆拉发现传国玉玺竟就在皇城中。牧云笙为压制体内的魅灵住进了天牢，不料意外发现了半块传国玉玺。寒江承认自己是穆如族人并随着家族流放，苏语凝前来相送却被寒江冷言驱逐。龙锦焕带来了盼兮的下落，牧云笙随着龙锦焕离开。靖王和庆王的军队兵临城下，虞心忌领军御敌等待着牧云寒的归来。穆如族人跋山涉水十分狼狈，夸父族感知到了危机。

故事发生于九州大陆的上古时代，皇族牧云家迎来了第六皇子牧云笙，他的母亲是魅族中人，身为半人半魅的他一出生就不受父亲的宠爱被封锁于深宫之中，只因他被天师断定“若他执剑必将霍乱天下”。

慢慢的他长大了，在他年少时期，偶然得到了一副古画，画中有一个美丽的女子名叫盼兮，他每日与那画中的女子盼兮谈心，盼兮也教会了他使用魅灵之术，随着岁月的流逝，他与盼兮相爱了，可是他们互相看得见却摸不到对方，盼兮她只是一个虚影还没成人型，为了可以触摸到相爱的人，盼兮努力着修炼，她与牧云笙相约成人之后一起出宫去寻找世上最美的地方，可是天不从人愿，各个部族明争暗斗，九州大陆风起云涌，与世无争的牧云笙为了保护自己身边的人不得不参与到这场无声的硝烟中。他逃出了那个禁锢他整个年少时期的深宫，遇到了穆如寒江、硕风和叶，三人结伴一起寻找各自身上的未解之谜。

离宫之后，他们一直被穆如槊的铁骑追杀，这更加刺激了牧云笙追查真相的决心......几年之后，蠢蠢欲动的端王朝瀚州八部落谋反了，但是被穆如家的铁骑打得溃不成军，而后，功高盖主的穆如家又被皇族牧云家以莫须有的罪名发配在边疆，从此，牧云家与穆如家决裂。年少时期是同是好友的牧云笙、穆如寒江、硕风和叶三人之间的关系由于家族的变故，致使他们开始互相残杀。硕风和叶在部落受到巨大损失之后，回到家族中继承八大部落的首领位置，机缘巧合之下他收服了雪狼王，为了祖辈的恩怨，他踏上了复仇之路，与牧云笙、穆如寒江成了敌人，八大部落的卷土重来，让失去穆如铁骑防守的皇族牧云王朝岌岌可危，此时，解救王朝的只有穆如家的穆如寒江，为了大义，他抛弃与牧云皇族的是非恩怨与牧云笙一起阻止硕叶和风的复仇，最后他与牧云笙取得了胜利。功成之后，穆如寒江继承了皇位，牧云笙带着盼兮离开了皇朝深宫，他们一起去寻找世间最美的地方。